C、N、P三种营养物质之间的比例，无论是好氧反应还是厌氧反应，N、P的比值是确定的，为5:1。C与它们的比值差别很大。首先要明白厌氧反应和好氧反应之间的差异，好氧反应的细胞合成率高，而厌氧反应的合成率低，因此厌氧反应所需的C就会高很多；另一方面，不同性质的废水所含的C的可生物利用性不同，因此，不同性质的废水要求的C的比值不同。大量实验研究表明，厌氧生物处理的C:N: P控制为（200～300): 5: 1为宜（其中（：以COD表示，N、P以元素含量计）。在装置启动时，稍微增加N,有利于提高反应器的缓冲能力，有利于生物的增殖。
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