聚丙烯酰胺在水处理应用中也非常重要，城市与工业污水主要采用污泥法处理，生化污泥常常是亲水性很强的胶体，所含的水很难脱去，若采用阳离子型PAM类絮凝剂，能收到良好的效果。聚丙烯酰胺的酰胺基可与许多物质亲和形成氢键，高分子量聚丙烯酰胺在被吸附的粒子间形成“桥联”，生成“絮团”，有利于微粒下沉。聚丙烯酰胺可以通过化学转化或AM的共聚制成非离子、阴离子、阳离子和两性离子系列完整的絮凝剂，可广泛用于水和粪便的处理场。聚丙烯酰胺类絮凝剂能适应多种絮凝对象，其用量小、效率高，生成的泥渣少，后处理容易，对某些情况有特殊的价值。
聚丙烯酰胺也可作为絮凝剂用于生产硫酸铜的新工艺。由于铜盐有着广泛的用途，又加上近年来微肥和饲料工业对硫酸铜新的需求，更加剧了硫酸铜的供求矛盾，旧工艺已远远满足不了市场需要，所以开发了一种制取硫酸铜的新工艺。以铜精粉为原料生产硫酸铜不但能连续大量生产，而且由于铜精粉比废紫铜价格低，并能节约电能，故市场前景很好。在新工艺中对净化除杂后的硫酸铜液进行剧烈搅拌后加入改性聚丙烯酰胺，进行液固分离。
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