生物滤池的大优点是构造简单、操作容易，而且能经受有毒污水或有机负荷的冲击。这是因为污水在生物滤池内的停留时间较短，即使表面的微生物可能被杀死而被脱落去除，又可以露出一层未被伤害的生物体。如果有毒污水或有机负荷的冲击持续时间较长，或有毒物质被吸附在生物膜上，生物滤池的处理效果将会受到严重影响。
因为微生物附着生长在滤料固定的表面上，无法随着环境的变化而改变反应器内的生物量，因此也就没有有效的方法控制出水的水质。因此，如果进水的浓度或流量增加，即进水的有机负荷或水力负荷增加，出水水质也将随之恶化；进水温度下降或环境温度下降，基质的去除速率也将下降。
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