吸泥机的运行控制采用两种方式：
(1)定时启动。可根据原水浊度、流量、加药量等条件计算沉淀池污泥量，调试沉淀池5min沉降比控制在10%～15%，并通过试运行摸索确定吸泥机自动间隔时间和每次启动运行次数。启动间隔时间和运行次数均可调整和设定。
(2)污泥浓度探测器（污泥界面探测器）控制启动。当沉淀池底部污泥浓度达到某一高度时，信号传给控制器，控制器控制吸泥机操作。
控制器为吸泥机配套的现场控制设备。控制器的控制功能除了能够独立完成吸泥机现场控制功能（现场操作功能）外，也能够接受PLC系统的监控。设定四种工作方式：①连续往返运行；②运行到全程，返回原处，停桁车；③运行到全程的1/3处，返回原处，停桁车；④运行到全程的1/3处，返回原处，继续运行全行程，返回原处，停桁车。
现场控制器提供下列供PLC系统的监视信号：“现场/远方”、运行/停止、池端位置、虹吸状态、排泥阀门状态、综合故障等信号，现场控制器能够接受PLC系统的控制信号：开/停。
此外，通常平流池池底积泥高度不超过0.5m。加药后混合反应絮凝后的絮体(矾花）颗粒、密度大，不易碎散，则沉淀效果好，污泥界面比较容易分得清。反之，使用污泥浓度探测器不十分理想。故使用污泥浓度探测器（污泥界面开关）控制吸泥机，亦需要通过现场调试.后确定控制软件。
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